L'Abbazia è ricca di opere artistiche di grande pregio. Fra il Cinque e Seicento, infatti, i Monaci benedettini chiamarono artisti di altissimo livello quali il Foppa, il Cossali, il Moretto, per abbellire questo importante complesso religioso.
Fra le tante opere, che ancora vi sono custodite, è da ammirare un'importante "Crocifissione" di scuola foppesca nel refettorio degli ospiti. All'interno della chiesa di San Nicola, costituita da una navata, si ammira una decorazione settecentesca ad affresco su volte e pareti.
Il secondo altare di sinistra ospita un'importante tela del Moretto (1545). Di particolare pregio anche il coro ligneo intarsiato nel 1480 dal Rocchi e gli affreschi della volta della sagrestia, opera del Barbelli. Nella Sala del Capitolo, che si affaccia sul Chiostro della Cisterna, notiamo il "Cristo Risorto" di Pietro da Marone, mentre l'antirefettorio fu affrescato dal Gambara nel 1570.
Al primo piano si trova la Galleria che si affaccia sulle celle dei Monaci con due affreschi allegorici di Pietro da Marone. Infine l'appartamento abbaziale e la foresteria sono impreziositi da affreschi del Romanino.
